Anders als bei der Sonnentrocknung sollte die Weiterverarbeitung bei nass aufbereitetem Kaffee innerhalb von 8 Stunden nach der Ernte geschehen, da andernfalls der Gärungsprozess einsetzt. Für die nasse Weiterverarbeitung wird eine sogenannte Wetmill verwendet, die aus unterschiedlichen Maschinen besteht.
Bei der maschinellen Aufbereitung werden die Kirschen als erstes in eine Depulper-Station („pulp“ ist englisch für Fruchtfleisch) gegeben, in der die äußere Haut und das Fruchtfleisch abgequetscht werden. Diese Station wird auch als Wetmill bezeichnet (wörtlich übersetzt „Nassmühle“). Bei modernen Maschinen ist vor den Depulper noch ein Green Cherry Seperator geschaltet, der automatisch grüne, unreife Kirschen aussortiert.
Nach dem Entpulpen befindet sich um die Bohne noch eine schleimige Pektinschicht, die Mucilage.

Diese wird im nächsten Schritt mechanisch und unter Zulauf von Wasser von der Bohne getrennt, vom Mucilage Remover. Anschließend wandern die Bohnen mit dem Wasserstrom in einen Wassertank aus Beton. Die Bohnen bleiben dort über Nacht unter Wasser, sodass sich die restliche Mucilage ablöst. Im Wassertank werden die Bohnen außerdem aussortiert: Die guten Bohnen sinken zu Boden. Die sogenannten Floaters, zu leichte Bohnen, schwimmen oben.
Nun sind die Bohnen noch von der Pergamenthaut und der darunterliegenden Silberhaut umgeben. Man nennt den Kaffee in diesem Zustand auch Pergament- oder Parchmentkaffee. Um den Kaffee schonend zu trocknen, wird er auf Trockenbetten ausgebreitet, Drying Beds. Das sind große Tische, die knapp über dem Boden angebracht werden.

Hier trocknen die Bohnen 8 bis 10 Tage in der Sonne, werden regelmäßig gewendet und bleiben nachts und während der Mittagshitze abgedeckt. Die Pergamenthaut schützt die Bohnen, indem sie sicherstellt, dass sie langsam und gleichmäßig trocknen.

Insbesondere am ersten Tag ist es wichtig, dass die noch feuchten Bohnen keiner direkten Sonneneinstrahlung ausgesetzt werden, damit das Parchment nicht aufplatzt.

Bohnen mit beschädigter Pergamenthaut müssen aussortiert werden. Erst kurz vor dem Export nach Deutschland wird die Pergamenthaut und Teile der Silberhaut entfernt. Die Parchmenthaut ist eine Schutzschicht der Bohnen, die möglichst bis kurz vor dem Export um die Bohne herum bleiben sollte.

So werden Geschmack und Aroma des Kaffees so gut wie möglich konserviert.
Nachdem die Bohnen am ersten Tag behutsam auf den Drying Beds im Schatten trocknen, werden sie in den nächsten Tagen mehr Sonne ausgesetzt. Nach ca. 10 bis 14 Tagen verbleibt eine Restfeuchtigkeit der Bohne von ca. 10,5 % bis 11,5 %. Der fertig getrocknete Parchment Kaffee wird anschließend für den Export vorbereitet und in 60 kg Jutesäcke gefüllt.

Nach der Ernte wird die Kaffeekirsche zuerst in einen Schwemmkanal geschickt, indem die reifen und unreifen Kirschen von den schwimmenden „Floaters“ getrennt werden. Danach kommen die Bohnen in einen Zylinder aus Metall. In diesem werden durch Zentrifugalkraft Fruchtfleisch und Kaffeebohne getrennt. Nach diesem Vorgang bleiben nur Bohnen mit Pergamenthaut und Mucilage ( das ist eine dünne Schicht vom Fruchtschleim) übrig. In diesem Zustand wird die Kaffeekirsche anschließend getrocknet.

Die ursprüngliche Methode, Kirschen zu trocknen ist relativ simpel. Die roten Kaffeekirschen werden auf Zementböden, Tischen oder gestampfter Erde ausgebreitet und regelmäßig gewendet, damit sie gleichmäßig trocknen, ohne anfangen zu faulen. Die Trocknung kann – abhängig vom Klima – bis zu fünf Wochen dauern. Der Vorteil ist, dass man bei der Trocknung nicht auf den Einsatz von Wasser angewiesen ist und daher dieses Verfahren auch gut in wasserarmen Regionen anwenden kann.
Bei der trockenen Aufbereitung braucht man vor allem: Sonne und Zeit.
Häufig war die Qualität von „natural“ Kaffees jedoch nicht so hochwertig, da sie schnell fermentiert schmeckten. In jüngster Vergangenheit wurden jedoch große Qualitätsverbesserungen erreicht, weil die Aufbereitung unter Einsatz von besseren Hilfsmitteln (hochwertigere Drying Beds und Shade Drying Nets) stattfindet. Darüber hinaus legen die Kooperativenleiter mehr und mehr Wert darauf, die Arbeiter an den Drying Beds besser zu schulen, sodass die Kirschen regelmäßig gewendet werden und so die Entstehung eines fermentierten Geschmacks verhindert wird. Diese besonders klaren „natural“ Kaffees gewinnen zunehmend an Beliebtheit.

Nachdem dem Fruchtfleisch genug Wasser entzogen wurde, können die Bohnen in einer Maschine durch Reibung und unter Druck aus der Kirsche gelöst werden. Dann werden alle Bohnen von Hand sortiert, um gebrochene Bohnen, Steinchen oder andere Fremdkörper auszusieben. Bei der trockenen Aufbereitung zieht die zuckrige Pektinschicht in die Bohne ein, und ihr süßes Aroma wirkt sich auf das Geschmacksbild des Kaffees aus, indem sie den „natural“ Kaffee natürlich süßt.